Puede darse el caso de que al seleccionar "cron del sistema" en la configuración de cron, veamos que no ejecuta lo configurado en el crontab.
En mi caso aparecía esta línea de error en el log de owncloud:
{"reqId":"7qmGW1I+Gcvxg36z+5RO","remoteAddr":"","app":"cron","message":"Missing memcache class \\OC\\Memcache\\APCu for local cache","level":4,"time":"2016-01-14T19:00:01+01:00"}
El caso es que tenía configurado en el config.php de owncloud el parámetro:
'memcache.local' => '\\OC\\Memcache\\APCu',
Y faltaba configurar en el fichero de configuración de php, /etc/php.ini/apcu.ini el parámetro:
apc.enable_cli=1
También hay que crear el fichero del crontab para el usuario apache que es mi caso:
crontab -u apache -e
y añadir la siguiente línea:
*/15 * * * * php -f /var/www/html/owncloud/cron.php > /dev/null 2>&1
Con esto se ejecutará cron.php cada 15 minutos.
