Descargamos el paquete rpm con la actualización. Normalmente hay una advertencia en la interfaz web de plex con el enlace cuando hay una actualización pendiente.
Actualizamos.
yum update
Detenemos plexmediaserver.
service plexmediaserver stop
Nos situamos en la carpeta donde está el paquete de actualización.
yum localupdate plexmediaserver-1.0.0.2261-a17e99e.x86_64.rpm
Iniciamos plexmediaserver.
service plexmediaserver start
Fuente: https://forums.plex.tv/discussion/91453/upgrade-pms-from-0-9-7-to-0-9-8-latest-release-for-centos-6