Cuando copiamos archivos " a pelo" mediante ssh sin utilizar la web owncloud ni webdav los archivos se copian pero no los vemos desde la web de owncloud. Con versiones anteriores esto no pasaba, simplemente cambiando al propietario y el grupo ya se veían los archivos copiados por ssh.
Ahora es necesario hacer lo siguiente o por lo menos esta es la forma que he encontrado para solucionarlo. Cambiamos los permisos chown apache y chgrp apache de los archivos copiados y se fuerza el escaneo de todo. (podría hacerse solo de un usuario).
sudo -u apache php occ files:scan --all
Fuente: http://www.sgarnica.org/en/manually-rescan-data-in-owncloud-8-2-1-on-centos-7/
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